Una de las bellas mansiones de Tunja, con supervivencias hispánicas es la Casa del Escribano Don Juan de Vargas, que es sede del Museo Colonial, y una de las más visitadas por el Turismo Internacional.
Don Juan de Vargas llegó al Nuevo Reino de Granada con su padre Don Diego de Vargas. En el año 1585 inició su oficio de Escribano de Tunja, hasta su muerte en el año 1620.
Con el Cronista Juan de Castellanos influyó decisivamente en el proceso cultural de la ciudad en los finales del Siglo XVI y primeros del XVII. Su casa fue albergue de numerosos visitantes ilustres que llegaban a Tunja de diversa procedencia.
La construcción de La Casa del Escribano se realizó en los finales del Siglo XVI. Según la descripción arquitectónica de Santiago Sebastián:
"Esta casa es la más interesante y rica de la ciudad, porque une a su valor arquitectónico el pictórico. Data el último cuarto del Siglo XVI. Tiene el ingreso a un lado y patio claustreado en un solo costado; la galería del primer piso presenta arcos de medio punto ligeramente peraltados, y la del segundo es adintelada. Las bases de las columnas inferiores muestran todavía el recuerdo del gótico isabelino en las típicas bolas abulenses, que vuelven a repetirse en los esquemáticos capiteles, alternando con rosetas; sus capiteles, esquemáticos, bárbaros y caprichosos, nos recuerdan algunas improvisaciones de los canteros prerrománticos. Las columnas de la galería superior apoyan sus bases áticas en plintos cerrados; los capiteles pretenden ser compuestos, pero son muy toscos; parecen tener el vaso estriado, con volutas muy rudimentarias". (Álbum de Arte Colonial de Tunja, Santiago Sebastián).
Una de las bellezas de la Casa de Don Juan de Vargas es el jardín de estilo andaluz, con su fuente en el centro y el ángulo con la escalera.
En los salones del piso superior se encuentran las decoraciones manierista s de las techumbres, en la misma forma que en las Casas del Fundador y del Cronista.
En los murales de las techumbres encontramos las figuras del rinoceronte, el elefante, alegorías, figuras mitológicas, escudos, animales y anagramas cristianos que se distribuyen por el harnuelo y las jaldetas.
Las diosas Diana y Minerva y el Dios Júpiter están rodeados de grutescos y guirnaldas. Estas figuras son expresiones del «Manierismo» con grabados copiados fiel artista holandés Leonard Thiry, Alberto Durero y otros Cliché sirvieron de modelos para los murales. Aparecen en el artesonado el escudo del Escribano Don Juan de Vargas, que se describe así:
En el primer cuartel, con banda de gules, siete estrellas de plata y tres cabezas de sierpe. En el segundo cuartel, una cabeza de jabalí con pendón, saliendo de una caldera. El tercer cuartel es borroso, y el cuarto, con banda de gules, león rampante y tres bandas de oro. Por timbre un yelmo. El monograma de Cristo ocupa lugar principal.
En el Museo de la Casa del Escribano se encuentra una exhibición permanente con diferentes piezas, representativas de la producción artística y artesanal de los Siglos XVI - XIX, con esculturas, pinturas de caballete, mobiliario, cerámica y porcelana y otros. Se conserva la cocina colonial, con su gran chimenea cónica y utensilios domésticos.
Esta casa de supervivencias hispánicas ha sido restaurada varias veces: En el año 1952, con la intervención del Maestro Luís Alberto Acuña y artistas españoles; posteriormente en los años 1980 y 1987. Actualmente es administrada por el Instituto de Cultura de Boyacá.
JARDIN DE LA CASA 
VISTA COLUMNAS 
VISTA EXTERIOR JARDIN DE LA CASA 
EXPOSICION PASILLO PRINCIPAL DE LA CASA
SALON DE LOS RETABLOS 
OTRAS JOYAS EN EL SALON DE LOS RETABLOS 
ESCALERA DE ACCESO AL SEGUNDO PISO 
VISTA CELOSIA TRAIDA DE VILLA DE LEIVA
SEGUNDO PISO CASA
